因为 Linux 端的 Zotero(AUR)中有一部分元素的样式是由 GTK 控制的,因此当系统的 GTK 主题为深色主题时,Zotero 的界面会呈现为这个样子:

这不是很好看,并且部分区域内文字和背景色的对比度很低,导致文字难以阅读。
根据这个帖子,解决方案是通过环境变量在程序启动时指定其使用的 GTK 主题,也就是:
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反映到 Desktop 文件上(通常位于/usr/share/applications/和~/.local/share/applications/),就是在启动指令(Exec 项)前加入env GTK_THEME=Pop-light。
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这样操作后,通过应用启动器打开的 Zotero 就不会有问题了。
